يوجد بالميناء وحدات لمكافحة التلوث من المخلفات الشحن والتفريغ والأنشطة المختلفة بالميناء وتتمثل هذه الوحدات في :

• عمال نظافة طوال 24 ساعة .
• صناديق لتجميع المخلفات والقمامة في جميع مناطق الميناء .
• عربات تجميع الصناديق وتفريغها في المحرقة .
• عربات كنس وغسيل الطرق .
• عدد ” 2 ” محرقة بطاقة 4 طن / ساعة للتخلص من جميع المخلفات.
• عدد ” 2 ” محطة معالجة للصرف الصحي ( شمالية بطاقة 500 م3 / يوم وجنوبية بطاقة 830م3 / يوم ) .